《论语义疏/中国思想史资料丛刊》此次整理，以日本武内义雄整理的怀德堂本为底本，以在我国传布较广的鲍廷博知不足斋丛书本、四库全书本为校本。视文字需要时，参证定州汉墓简本论语、何晏论语集解（日正平本）、邢爵论语注疏（阮元十三经注疏本）、朱熹论语集注（嘉庆刊四书集注本）、刘宝楠论语正义（同治刊本）以及其他相关典籍。
《论语义疏/中国思想史资料丛刊》出校目的主要是：校异同，反映不同版本之间的文字差异和排列形式差异；定是非，凡有材料依据、有把握者，即确定孰是孰非。
凡“之”“乎”“者”“也”等不影响文意的虚词、助词，不出校；甲本爵“曰”乙本为三全等情况，不出校。怀德堂本原附论语义疏正误表，校正文字讹误，今全部采纳，散见于相关校记中。