余嘉锡先生以史学、古籍考订和目录学名家。本书是近代创作较早、极有系统与创见的目录学著作，对目录各书体制、目录学源流、目录类例的沿革，都有详细论述。本书语言精练，立论严谨，例证广博贴切，足以指示治学门径，解释疑难，且富于启发，今天仍是古籍整理研究的重要参考著作。
目录学对于学者治学有重要的辅助作用，余嘉锡先生认为目录学的根本意义在于“辨章学术，考镜源流”。在此思想指导下，这本书对目录学的发展源流、各种体制的利弊得失、历代书目的类例沿革都作了详尽的探讨，被杨树达先生誉为“透辟精审”之作。《目录学发微》与《古书通例》互相呼应，最好合读，故本书将《古书通例》附于后，以资参阅。《古书通例》亦是余嘉锡先生重要的学术著作，周祖谟先生认为此书虽篇章不多，“而探微索隐，足以解疑释惑。读者据此举一反三，所知自多”。